石磨面粉機械是由很多的配置組合而成的，因此設備的開機、停機都不是一下子就能完成的，參與面粉加工的設備有那么多，每一個階段都要有專門的開關控制，這就是為什么面粉廠一般會有非常復雜的開關和線路問題。錯誤的順序可能會造成生產故障，是不可取的，所以工作人員要提前熟悉。

石磨面粉機械開機的時候順序一般是按照從小麥喂料到毛麥倉、從毛麥倉到潤麥倉、從潤麥倉到凈麥倉的順序從后向前順序啟動。接下來是接收小麥的階段，先啟動吸風系統，順序依次為關風器、壓縮空氣源、脈沖、通風機。

然后是按小麥的加工順序從后向前打開設備進行工作，等到各系統都能夠正常的運轉了就要開始進料的工作。按照上面說的步驟進行開機，著水設備應來料后再開始加水，停機時應先應先停水，再停料。結束后停機的順序是：斷料后由前向后順序停機，然后停止吸風系統。